En la Francia del siglo XVIII, se inició una clasificación de los materiales, entre los considerados sales —por ser solubles— y los considerados tierras —por ser insolubles—. La clasificación de las sales empezó a constituir un ámbito de estudio, pues se pretendía que pudiera ser el resultado de la combinación tanto de sales (por ejemplo, espíritu de vitriolo y sal de tártaro), como de una sal ácida y una tierra alcalina, o de una sal ácida y un metal. Es decir, las sales permiten el intercambio de cuerpos que responden a categorías en principio distintas.
El iatroquímico alemán Georg Ernst Stahl (1660-1734) consideraba que lo único que la física y la química podían estudiar era la "corrupción", la descomposición de un cuerpo vivo tras su muerte. Así pues, propone una serie de fundamentos que se volverían tradicionales, como mixtión, principio y afinidad. Según Stahl, lo propio de la química es la unión mixtiva o mixtión, que debe distinguirse de la agregación, es decir, la mera unión mecánica o, como se conoce en la actualidad, mezcla. La mixtión, en cambio, implica una propiedad que sólo puede analizarse cuando existe un cambio en las propiedades.
Stahl reconoce dos principios de combinación para todos los mixtos (compuestos): el agua y la tierra. De esta última identifica tres tipos: la tierra vitrificable (minerales), la tierra flogística o flogisto (ligera e inflamable) y la tierra mercurial o metálica (que proporciona a los metales su maleabilidad y brillo). Esta clasificación fue propuesta en función de la teoría de afinidad, según la cual, lo similar presenta una unión mixtiva con lo similar. Sin embargo, Stahl muestra ciertas dudas referentes a la tierra mercurial. Consideraba que los metales al corroerse se comportaban como la madera y el carbón al ser quemados. En este sentido, los metales ardían lentamente y la corrosión les hacía perder su "flogisto", así como se lo hacía perder al carbón mineral la combustión. Sin embargo, el metal podía regresar a su estado primitivo a través de la reabsorción de flogisto que procedía del carbón vegetal. En este sentido, Stahl creía que toda materia inflamable contenía flogisto y éste se desprendía y perdía en la atmósfera durante la combustión.
Una aportación importante de Stahl fue su explicación para la combustión y recuperación de azufre, cuya transformación cíclica confirmó su creencia de que el azufre era un mixto que contenía flogisto y el principio de acidez, al cual denominó ácido universal porque creyó que estaba contenido en todos los ácidos.
Stahl consideraba que estas transferencias de flogisto se llevaban a cabo en los metales, el azufre y los ácidos, pero no era posible realizarlas con sustancias orgánicas. Esto lo llevó a interesarse más por la química mineral o inorgánica que por la orgánica. A pesar de que no conocía la importancia del aire en los cambios químicos, su trabajo marcó la diferencia entre la química orgánica y la inorgánica.
La teoría del flogisto de Stahl explicaba los fenómenos de combustión, y se argüía que este proceso llegaba a su fin debido a que el aire sólo podía absorber cantidades limitadas de flogisto. Cuando esto sucedía, Stahl consideraba que tenía "aire flogisticado". También creía que la combustión podía concluir debido a que las sustancias tenían cantidades limitadas de flogisto.
Consideraba evidente que el flogisto no podía permanecer en la atmósfera, pues de lo contrario los procesos de respiración y combustión no serían posibles. Además, propuso que el flogisto era absorbido por las plantas y por el carbón vegetal, de tal forma que era posible establecer en la naturaleza un ciclo del flogisto, el cual representaba el vínculo entre los tres reinos naturales: animal, vegetal y mineral. A finales del siglo XVIII, este ciclo se transformó en la teoría de la fotosíntesis.
El problema de la teoría del flogisto era que si en los procesos de combustión se perdía flogisto, en principio debería tenerse una disminución de la masa; sin embargo, se observaba todo lo contrario: las sustancias ganaban masa.
