El organismo requiere un sistema de vigilancia que le permita identificar permanentemente los elementos que le son propios y aquellos que no lo son. Tales elementos ajenos al organismo pueden ser células tumorales, células infectadas o bacterias, virus y parásitos. El sistema inmunológico identifica todo lo no propio, permite su eliminación y mantiene la memoria inmune, de tal forma que, al contacto con los elementos ya conocidos, favorece su reconocimiento y eliminación de forma rápida y eficaz.
El sistema inmune está integrado por grupos celulares (respuesta celular) y diversos factores solubles (respuesta humoral), como proteínas, péptidos derivados de aminoácidos (como la histamina) y algunos metabolitos secundarios al metabolismo de lípidos (principalmente del ácido araquidónico, tal como los leucotrienos y los tromboxanos). En la respuesta inmune participan dos procesos diferentes: el sistema inmune innato y el sistema inmune adaptativo. El primero está determinado genéticamente y formado por grupos celulares y circulantes en la sangre. Actúa de manera inmediata, durante los primeros minutos y horas, al entrar en contacto con un agente extraño. No favorece la memoria inmunológica, pero sí la activación del sistema inmune adaptativo. Éste se desarrolla sólo después de haber tenido contacto con un elemento extraño; tarda algunos días o semanas en desarrollarse, es altamente específico y confiere memoria inmunológica, algunas veces para toda la vida. Así sucede con las vacunas: un agente patógeno que ha perdido su capacidad de infectar, pero que contiene todas las características del organismo infectante, favorece una respuesta específica que protege al individuo de la enfermedad.
La memoria inmunológica contra elementos extraños se conserva en los linfocitos T, los cuales se almacenan en tejidos especializados como los ganglios linfáticos.
En algunas enfermedades virales confiere protección definitiva. Sin embargo, en presencia de muchos otros organismos su protección es limitada, porque los agentes patógenos poseen estrategias para evadir la respuesta inmune o capacidad para modificar sus principales características (véase la figura 2.12).