La biogeografía es la disciplina que estudia los patrones de distribución de los seres vivos en el espacio y a través del tiempo, siendo sus objetivos principales el describir y comprender los patrones de distribución geográfica de las especies y taxones supraespecíficos. Por ejemplo, si se representa en un mapa la distribución de un taxón puede, en principio, describirse el patrón observado, y luego preguntarse a qué se deberá. A partir del trabajo del botánico suizo Augustin Pyrame de Candolle (1778-1841) se acostumbra distinguir entre la biogeografía ecológica, que analiza la distribución de los seres vivos en función de sus adaptaciones a condiciones actuales del medio, y la biogeografía evolutiva, que explica dichas distribuciones en función de factores históricos, es decir, aquéllos que ya no intervienen en la actualidad.
Por más de un siglo, la biogeografía evolutiva estuvo enmarcada en la tradición dispersalista iniciada por Darwin y Wallace. Esta visión suponía básicamente que, a partir de centros de origen, las especies se dispersaban atravesando barreras preexistentes. En la década de 1950, el botánico italiano Léon Croizat (1894-1982) propuso que "la vida y la Tierra evolucionan juntas", esto es, que las barreras evolucionan conjuntamente con las biotas. (Croizat postuló estas ideas en una época en que la deriva continental era aún geológicamente inaceptable.)
El nuevo paradigma biogeográfico propuesto por Croizat se denominó panbiogeografía. El método de la panbiogeografía fundamentalmente consiste en marcar en un mapa las localidades donde se distribuye un taxón determinado, conectando los puntos marcados mediante la línea de menor distancia, denominada trazo individual. En los sitios donde se superponen varios trazos individuales se delinean los trazos generalizados (véase el mapa). Croizat consideró que los trazos generalizados indican una biota ancestral ampliamente distribuida en el pasado, la cual fue posteriormente fragmentada por eventos físicos (tectónicos, climáticos, cambios del nivel del mar). Los trazos generalizados no se circunscriben a masas continentales, sino que pueden cruzar océanos y mares, uniendo entre sí áreas ampliamente separadas. Las localidades o áreas particularmente complejas, en donde dos o más trazos generalizados se superponen, se denominan nodos. Éstos representan fragmentos bióticos y geológicos ancestrales diferentes que se relacionan en espacio-tiempo, en respuesta a algún cambio tectónico, como por ejemplo la colisión de dos masas continentales para formar un área compuesta.
A partir de la síntesis de las ideas panbiogeográficas con las de la sistemática filogenética, surgió el enfoque de la biogeografía cladística. Ésta supone que existe una correspondencia entre las relaciones entre los taxones y las relaciones entre las áreas que ellos habitan. Así, emplea la información sobre relaciones cladísticas entre organismos y su distribución geográfica para proponer hipótesis sobre relaciones entre áreas.
Un análisis biogeográfico cladístico básicamente comprende tres pasos sucesivos (véase el esquema siguiente): 1] la construcción de cladogramas taxonómicos de áreas, a partir de los cladogramas de dos o más taxones diferentes; 2] la obtención de cladogramas resueltos de áreas a partir de los cladogramas taxonómicos de áreas, y 3] la obtención de cladogramas generales de áreas, a partir de los cladogramas resueltos de áreas.
Los trazos generalizados constituyen hipótesis preliminares acerca de biotas ancestrales. Los análisis biogeográficos cladísticos permiten reconstruir cómo estas biotas se han fragmentado en el pasado geológico.
