Actualmente, la evolución de los organismos es una conclusión científica que se acepta con tanta confianza como el hecho que la Tierra es redonda o que los planetas se mueven alrededor del Sol. Pero, ¿qué evidencia demuestra que los seres vivos evolucionan? ¿En qué se basan los biólogos evolucionistas para afirmar que la evolución es un hecho?
Antes de contestar estas preguntas es menester considerar que para los científicos los hechos son eventos o procesos que suceden en la naturaleza y que están suficientemente probados. Esta certeza, entendida como un conocimiento seguro y evidente, va más allá de toda duda razonable. Esto significa que hay muchas pruebas que demuestran la existencia de ciertos eventos y sería poco razonable dudar de ellas. Las teorías científicas, por otra parte, son las explicaciones e interpretaciones que se dan sobre estos hechos, los cuales no se esfuman aun cuando los científicos no se pongan de acuerdo para dilucidarlos, pues existen independientemente de dichas discusiones.
Hasta mediados del siglo XX, las disciplinas biológicas que aportaron más y mejores evidencias sobre la evolución biológica e información acerca de la filogenia o historia evolutiva de los organismos fueron la paleontología y la anatomía comparada. En la actualidad, ningún biólogo duda de la evolución, aun cuando algunos no se ponen totalmente de acuerdo sobre cómo ocurre este proceso. Sin embargo, todos tratan de descifrar cómo se formó el árbol de la vida, el cual relaciona a todos los organismos a través de lazos de parentesco.
El registro fósil indica cómo se han modificado los organismos en el tiempo, evidencia los cambios graduales de los que existieron en el pasado y muestra formas intermedias entre grupos de organismos. Por ello, el estudio de los fósiles es clave para reconstruir la historia evolutiva de las formas vivas. También es importante la comparación anatómica de organismos fósiles y actuales para evidenciar la evolución de las especies.
Del mismo modo, la embriología ha aportado evidencias a la biología evolutiva, al mostrar que el modelo de desarrollo embrionario en un grupo de animales relacionados evolutivamente tiene rasgos comunes.
A su vez, la base lógica de las inferencias filogenéticas indica que la evolución es un proceso gradual, de manera que organismos que comparten un ancestro común reciente serán más similares entre sí que aquellos con un ancestro común más antiguo. En consecuencia, es posible reconstruir el árbol filogenético de los seres vivos a partir de sus similitudes.
Por su parte, la biogeografía, al estudiar la distribución de los organismos en la Tierra, refleja la existencia de especies afines en diferentes regiones y su adaptación a diferentes hábitats, aportando también evidencias de la evolución.
La genética, que surgió con la llegada del siglo XX, contribuyó de manera significativa a la biología evolutiva y dio mayor profundidad e infinitamente más detalle a este campo.
La bioquímica comparativa también proporciona evidencias para identificar la unidad de los organismos. De acuerdo con ésta, las diferentes especies tienen distintas rutas metabólicas, según sus fuentes alimenticias, con las que hacen frente a las necesidades celulares, tanto energéticas como estructurales. No obstante, en todo el mundo vivo estas rutas convergen formando exactamente los mismos componentes de las proteínas y de los ácidos nucléicos y produciendo energía de la misma manera.
Desde la segunda mitad del siglo XX a la fecha, el desarrollo e integración de la paleontología, la embriología, la sistemática, la biogeografía, la genética y la bioquímica han permitido ensamblar un conjunto de evidencias contundentes sobre la evolución biológica.